Secara operasional SMK Negeri 1 Labuan Bajo hadir pada tahun 1997. Saat itu kegiatan operasional pembelajaran dilaksanakan di SMAN 1 Komodo. Hal itu dilakukan karena SMKN 1 Labuan Bajo belum memiliki  sarana dan prasarana pendidikan sendiri. Namun pada tahun itu juga pemerintah pusat melalui kementerian pendidikan dan kebudayaan mengucurkan bantuan untuk pembangunan Unit Sekolah Baru bagi SMKN 1 Labuan Bajo.

  SMKN 1 Labuan Bajo pada awalnya bernomen klatur SMK Negeri 1 Ruteng. Hal ini menunjukkan bahwa sebenarnya SMKN 1 Labuan Bajo bukan terletak di Labuan Bajo tapi semestinya di Ruteng. Dengan alasan tertentu dan rasional pada akhirnya SMKN 1 Ruteng dipindahkan ke Labuan Bajo, sehingga namanya ditambah menjadi SMKN 1 Ruteng di Labuan Bajo.

  Pada awalnya SMKN 1 Labuan Bajo memiliki satu bidang keahlian yaitu Pariwisata dan dua  Program keahlian yaitu Perhotelan dan Tata Boga. Karena bidang keahliannya di pariwisata maka masyarakat pada saat itu lebih mudah menyebutnya SMIP ( sekolah Menengah Industri Pariwisata ). Bahkan sampai sekarang masyarakat Labuan Bajo menyebut SMKN 1 Labuan Bajo dengan SMIP, dan lingkungan dimana sekolah ini berdiri disebut Padang SMIP

  Pada awal tahun 1998 Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan mengeluarkan Surat Keputusan Meneteri Pendidikan dan Kebudayaan RI tentang Pembukaan dan Penegerian sekolah Nomor 13a/O/1998 tanggal 29 Januari 1998 dengan nama SMK Negeri 1 Ruteng di Ruteng. Nama tersebut bertahan sampai tahun 2003. Walaupun namanya demikian  tapi riil operasionalnya ada di Labuan Bajo, sehingga namanya adalah SMKN 1 Ruteng di Labuan Bajo. Kepala Sekolah pada saat itu ( 1997 s/d 2002 ) adalah Bapak Paulus Tiala, BA ( alm.)

  Pada Tahun 2002 terjadi mutasi kepala sekolah. Bapak Paulus Tiala, BA dipromosikan menjadi Pengawas Sekolah Menengah pada Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Manggarai Barat, dan yang menggantikan dia sebagai kepala sekolah adalah Bapak Drs. Moses Magong ( alm. ). Sebelumnya Bapak Drs. Moses Magong bertugas sebagai Kepala Sekolah di SMKS Swastisari Kupang.

  Pada awal kepemimpinan Moses Magong dilakukan diskusi internal sekolah untuk rencana pergantian nama sekolah. Tujuannya adalah agar nama sekolah disesuaikan dengan nama tempat dimana sekolah itu berada. Ada dua nama yang ditawarkan dan sangat kuat untuk dipertimbangkan, yaitu SMKN 1 Komodo dan SMKN 1 Labuan Bajo. Namun dengan berbagai argument yang rasional dan kuat pada akhirnya diputuskan untuk nama sekolah diganti menjadi “ Sekolah Menengah Kejuruan Negeri 1 Labuan Bajo” ( SMKN 1 Labuan Bajo ) yang sekarang digunakan. Pada tahun 2004 masa kepemimpinan Bapak Moses Magong berhasil menambah satu program keahlian baru yaitu Program Teknik Informatika dengan Kompetensi Keahlian Rekayasa Perangkat Lunak ( RPL )

  Pada Tahun 2007 ada pergantian kepala sekolah yang kedua. Dari Bapak Moses Magong ke Bapak Floresianus Sudirman, S.Pd. Kepemimpinan Bapak Floresianus Sudirman mulai tahun 2007 sampai dengan 2011. Pada tahun 2007 masa Bapak Floresianus Sudirman berhasil membuka program studi baru bidang pariwisata yaitu Usaha Perjalanan Wisata ( UPW ), dan Teknik Komputer dan Jaringan ( TKJ ) pada bidang Keahlian Teknologi Informasi dan komunikasi ( TIK )

  Pada pada bulan Juli Tahun 2011 ada pergantian kepala sekolah yang ketiga. Bapak Floresianus Sudirman, S.Pd diganti oleh Bapak Stefanus Satu, S.Pd. Bapak Floresianus Sudirman, S.Pd dipromosikan ke Pengawas SMK Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga Kabupaten Manggarai Barat. Pada Tahun 2016 berhasil dibuka bidang keahlian Bisnis dan Manajemen dengan program keahlian Akuntansi dan Keuangan Lembaga