Hari Selasa, 19 Januari 2021 lingkungan SMKN 1 Labuan Bajo dilakukan penyemprotan cairan disinfectan. Hal itu dilakukan  guna mengantisipasi penyebaran Virus Corona 2019 (Covid 19) di lingkungan SMKN 1 Labuan Bajo. Sasaran penyemprotan adalah seluruh ruangan dan area yang tingkat pemanfaatannya tinggi. Penyemprotan ini dilakukan oleh Palang Merah Indonesia (PMI) Cabang Manggarai Barat. Selain penyemprotan tersebut, pihak sekolah terus melakukan-melakukan sosialisasi dan penegakan Protokol kesehatan kepada seluruh warga sekolah melalui gerakan 3 M yaitu Memakai masker, Mencuci tangan dengan air mengalir dan menggunakan sabun, Menjaga jarak.